Nesta página, você verá como ativar a API Healthcare Natural Language, configurar
permissões e chamar o método analyzeEntities
para extrair insights clínicos do texto médico.
Visão geral
A API Natural Language oferece soluções de aprendizado de máquina para gerar insights de textos médicos. A API Cloud Natural Language é parte da API Cloud Healthcare. Para uma visão geral, consulte a documentação conceitual da API Healthcare Natural Language.
A API Healthcare Natural Language analisa textos médicos não estruturados, como registros médicos ou pedidos de seguro. Em seguida, ela gera uma representação de dados estruturados das entidades de conhecimento médico armazenadas nessas fontes para análise e automação de downstream. Por exemplo, você pode:
- extrair informações sobre conceitos médicos, como doenças, medicamentos, dispositivos médicos, procedimentos e seus atributos clinicamente relevantes;
- mapear conceitos médicos para vocabulários médicos padrão, como RxNorm, ICD-10, MeSH e SNOMED CT (somente usuários dos EUA);
- Extrair insights médicos de textos e integrá-los a produtos de análise de dados no Google Cloud
Locais disponíveis
A API Healthcare Natural Language está disponível nos seguintes locais:
Nome do local | Descrição do local |
---|---|
asia-south1 |
Mumbai, Índia |
australia-southeast1 |
Sydney, Austrália |
europe-west2 |
Londres, Reino Unido |
europe-west4 |
Países Baixos |
northamerica-northeast1 |
Montreal, Canadá |
us-central1 |
Iowa, EUA |
Ative a API Healthcare Natural Language
Antes de começar a usar a API Healthcare Natural Language, é necessário ativar a API no projeto do Google Cloud. É possível usar a API Healthcare Natural Language sem ativar ou usar recursos da API Cloud Healthcare.
Para ativar a API, conclua as seguintes etapas:
- Faça login na sua conta do Google Cloud. Se você começou a usar o Google Cloud agora, crie uma conta para avaliar o desempenho de nossos produtos em situações reais. Clientes novos também recebem US$ 300 em créditos para executar, testar e implantar cargas de trabalho.
-
No console do Google Cloud, na página do seletor de projetos, selecione ou crie um projeto do Google Cloud.
-
Verifique se a cobrança está ativada para o seu projeto do Google Cloud.
-
Create a service account:
-
In the Google Cloud console, go to the Create service account page.
Go to Create service account - Select your project.
-
In the Service account name field, enter a name. The Google Cloud console fills in the Service account ID field based on this name.
In the Service account description field, enter a description. For example,
Service account for quickstart
. - Click Create and continue.
-
Grant the Project > Owner role to the service account.
To grant the role, find the Select a role list, then select Project > Owner.
- Click Continue.
-
Click Done to finish creating the service account.
Do not close your browser window. You will use it in the next step.
-
-
Create a service account key:
- In the Google Cloud console, click the email address for the service account that you created.
- Click Keys.
- Click Add key, and then click Create new key.
- Click Create. A JSON key file is downloaded to your computer.
- Click Close.
-
Defina a variável de ambiente
GOOGLE_APPLICATION_CREDENTIALS
como o caminho do arquivo JSON que contém suas credenciais. Essa variável só se aplica à sessão de shell atual. Assim, se você abrir uma nova sessão, precisará definir a variável novamente. -
No console do Google Cloud, na página do seletor de projetos, selecione ou crie um projeto do Google Cloud.
-
Verifique se a cobrança está ativada para o seu projeto do Google Cloud.
-
Create a service account:
-
In the Google Cloud console, go to the Create service account page.
Go to Create service account - Select your project.
-
In the Service account name field, enter a name. The Google Cloud console fills in the Service account ID field based on this name.
In the Service account description field, enter a description. For example,
Service account for quickstart
. - Click Create and continue.
-
Grant the Project > Owner role to the service account.
To grant the role, find the Select a role list, then select Project > Owner.
- Click Continue.
-
Click Done to finish creating the service account.
Do not close your browser window. You will use it in the next step.
-
-
Create a service account key:
- In the Google Cloud console, click the email address for the service account that you created.
- Click Keys.
- Click Add key, and then click Create new key.
- Click Create. A JSON key file is downloaded to your computer.
- Click Close.
-
Defina a variável de ambiente
GOOGLE_APPLICATION_CREDENTIALS
como o caminho do arquivo JSON que contém suas credenciais. Essa variável só se aplica à sessão de shell atual. Assim, se você abrir uma nova sessão, precisará definir a variável novamente. -
Ative a Cloud Healthcare API.
- Instale a CLI do Google Cloud.
-
Para inicializar a CLI gcloud, execute o seguinte comando:
gcloud init
Configurar permissões
Para usar os recursos deste guia, é necessário ter a permissão healthcare.nlpservice.analyzeEntities
,
que está incluída no
papel healthcare.nlpServiceViewer
.
Para atribuir esse papel, execute o comando gcloud projects add-iam-policy-binding
:
gcloud projects add-iam-policy-binding PROJECT_ID \ --member serviceAccount:SERVICE_ACCOUNT_ID \ --role roles/healthcare.nlpServiceViewer
Extrair entidades, relações e atributos contextuais
A API Healthcare Natural Language usa modelos com reconhecimento de contexto para extrair
entidades, relações e atributos contextuais médicos. Cada entidade de texto é extraída
para uma entrada de dicionário médico. Para extrair esse nível
de insights médicos do texto, use o
método
projects.locations.services.nlp.analyzeEntities
.
Para incluir o vocabulário licenciado SNOMED CT nas menções da entidade, consulte Incluir vocabulários licenciados.
Para extrair insights médicos de textos médicos usando a API Healthcare Natural Language, faça uma solicitação POST
e especifique o texto de destino no campo documentContent
. O tamanho máximo do texto médico é de 20 mil caracteres Unicode.
Os exemplos a seguir mostram como usar o método analyzeEntities
para extrair
insights médicos do texto médico "O regime de insulina 5 unidades IV serão
administrados para diabetes".
REST
Antes de usar os dados da solicitação, faça as substituições a seguir:
PROJECT_ID
: o ID do seu projeto do Google Cloud;LOCATION
: o local do conjunto de dados;
Solicitar corpo JSON:
{ "documentContent": "Insulin regimen 5 units IV will be administered for diabetes." }
Para enviar a solicitação, escolha uma destas opções:
curl
Salve o corpo da solicitação em um arquivo chamado request.json
.
Execute o comando a seguir no terminal para criar ou substituir
esse arquivo no diretório atual:
cat > request.json << 'EOF' { "documentContent": "Insulin regimen 5 units IV will be administered for diabetes." } EOF
Depois execute o comando a seguir para enviar a solicitação REST:
curl -X POST \
-H "Authorization: Bearer $(gcloud auth print-access-token)" \
-H "Content-Type: application/json" \
-d @request.json \
"https://healthcare.googleapis.com/v1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/services/nlp:analyzeEntities"
PowerShell
Salve o corpo da solicitação em um arquivo chamado request.json
.
Execute o comando a seguir no terminal para criar ou substituir
esse arquivo no diretório atual:
@' { "documentContent": "Insulin regimen 5 units IV will be administered for diabetes." } '@ | Out-File -FilePath request.json -Encoding utf8
Depois execute o comando a seguir para enviar a solicitação REST:
$cred = gcloud auth print-access-token
$headers = @{ "Authorization" = "Bearer $cred" }
Invoke-WebRequest `
-Method POST `
-Headers $headers `
-ContentType: "application/json" `
-InFile request.json `
-Uri "https://healthcare.googleapis.com/v1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/services/nlp:analyzeEntities" | Select-Object -Expand Content
Se a solicitação for bem-sucedida, a resposta incluirá as seguintes informações:
- Entidades de conhecimento médico reconhecidas
- Recursos funcionais
- Relações entre as entidades reconhecidas
- Atributos contextuais
- Mapeamentos de entidades de conhecimento médico em terminologias padrão
Para conferir uma lista de tipos de entidade, atributo e relação compatíveis, consulte os recursos da API Healthcare Natural Language.
A resposta a seguir identifica a insulina terapêutica, a entidade com o código C581
no sistema de terminologia NCI, como o medicamento. Ela
também inclui a pontuação de confiança atribuída à resposta. Para mais
informações sobre os campos de resposta, consulte a
documentação
analyzeEntities
.
Incluir vocabulários licenciados
Por padrão, as respostas da API Healthcare Natural Language incluem os vocabulários médicos compatíveis.
Você pode incluir o vocabulário SNOMED clínicos, versão US (SNOMEDCT_US) na resposta se sua solicitação atender aos seguintes requisitos:
- A solicitação de API tem origem nos EUA.
- O campo
licensedVocabularies
no corpo da solicitação tem o valorSNOMEDCT_US
.
Se você não precisar do vocabulário CT SNOMED, nenhuma dessas restrições se aplicará.
O exemplo a seguir mostra como incluir o vocabulário licenciado SNOMED CT no objeto
LicensedVocabularies
para extrair
insights médicos do texto médico "regime de insulina 5 unidades IV serão
administradas para diabetes".
REST
Antes de usar os dados da solicitação, faça as substituições a seguir:
PROJECT_ID
: o ID do seu projeto do Google Cloud;LOCATION
: o local do conjunto de dados;
Solicitar corpo JSON:
{ "documentContent": "Insulin regimen 5 units IV will be administered for diabetes.", "licensedVocabularies": [ "SNOMEDCT_US", "ICD10CM" ] }
Para enviar a solicitação, escolha uma destas opções:
curl
Salve o corpo da solicitação em um arquivo chamado request.json
.
Execute o comando a seguir no terminal para criar ou substituir
esse arquivo no diretório atual:
cat > request.json << 'EOF' { "documentContent": "Insulin regimen 5 units IV will be administered for diabetes.", "licensedVocabularies": [ "SNOMEDCT_US", "ICD10CM" ] } EOF
Depois execute o comando a seguir para enviar a solicitação REST:
curl -X POST \
-H "Authorization: Bearer $(gcloud auth print-access-token)" \
-H "Content-Type: application/json" \
-d @request.json \
"https://healthcare.googleapis.com/v1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/services/nlp:analyzeEntities"
PowerShell
Salve o corpo da solicitação em um arquivo chamado request.json
.
Execute o comando a seguir no terminal para criar ou substituir
esse arquivo no diretório atual:
@' { "documentContent": "Insulin regimen 5 units IV will be administered for diabetes.", "licensedVocabularies": [ "SNOMEDCT_US", "ICD10CM" ] } '@ | Out-File -FilePath request.json -Encoding utf8
Depois execute o comando a seguir para enviar a solicitação REST:
$cred = gcloud auth print-access-token
$headers = @{ "Authorization" = "Bearer $cred" }
Invoke-WebRequest `
-Method POST `
-Headers $headers `
-ContentType: "application/json" `
-InFile request.json `
-Uri "https://healthcare.googleapis.com/v1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/services/nlp:analyzeEntities" | Select-Object -Expand Content
SNOMEDCT_US
e ICD10CM
. A saída é a seguinte, e os códigos de vocabulário licenciado solicitados estão em negrito:
Extrair a saída como um pacote FHIR R4
É possível extrair entidades do texto e mapeá-las para recursos e elementos FHIR R4. O pacote FHIR R4 resultante inclui todas as entidades, menções a entidades
e relacionamentos no formato JSON. Por exemplo, a API Healthcare Natural Language mapeia a entidade base PROBLEM
para o recurso FHIR R4 Condition
e a entidade PROBLEM.ANATOMICAL_STRUCTURE
para o elemento FHIR Condition.bodySite
. Para uma lista de outros mapeamentos, consulte
Saída da API Healthcare Natural Language como um pacote FHIR.
Os exemplos a seguir mostram como extrair insights médicos do texto médico "O regime de insulina 5 unidades IV serão administrados para diabetes" em um pacote FHIR R4.
Para mais informações, consulte
o objeto
AlternativeOutputFormat
.
REST
Antes de usar os dados da solicitação, faça as substituições a seguir:
PROJECT_ID
: o ID do seu projeto do Google Cloud;LOCATION
: o local do conjunto de dados;
Solicitar corpo JSON:
{ "documentContent": "Insulin regimen 5 units IV will be administered for diabetes.", "alternativeOutputFormat": "FHIR_BUNDLE" }
Para enviar a solicitação, escolha uma destas opções:
curl
Salve o corpo da solicitação em um arquivo chamado request.json
.
Execute o comando a seguir no terminal para criar ou substituir
esse arquivo no diretório atual:
cat > request.json << 'EOF' { "documentContent": "Insulin regimen 5 units IV will be administered for diabetes.", "alternativeOutputFormat": "FHIR_BUNDLE" } EOF
Depois execute o comando a seguir para enviar a solicitação REST:
curl -X POST \
-H "Authorization: Bearer $(gcloud auth print-access-token)" \
-H "Content-Type: application/json" \
-d @request.json \
"https://healthcare.googleapis.com/v1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/services/nlp:analyzeEntities"
PowerShell
Salve o corpo da solicitação em um arquivo chamado request.json
.
Execute o comando a seguir no terminal para criar ou substituir
esse arquivo no diretório atual:
@' { "documentContent": "Insulin regimen 5 units IV will be administered for diabetes.", "alternativeOutputFormat": "FHIR_BUNDLE" } '@ | Out-File -FilePath request.json -Encoding utf8
Depois execute o comando a seguir para enviar a solicitação REST:
$cred = gcloud auth print-access-token
$headers = @{ "Authorization" = "Bearer $cred" }
Invoke-WebRequest `
-Method POST `
-Headers $headers `
-ContentType: "application/json" `
-InFile request.json `
-Uri "https://healthcare.googleapis.com/v1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/services/nlp:analyzeEntities" | Select-Object -Expand Content
- A entidade reconhecida menciona as entidades e os relacionamentos delas em um formato semelhante à saída em Extrair entidades, relações e atributos contextuais.
- Uma chave
fhirBundle
que contém um recurso de pacote FHIR formatado em string. O pacote FHIR inclui todas as entidades, as entidades citadas e os relacionamentos no formato JSON.